منذ منتصف ثمانينيات القرن الماضي يعيش الجيش النظامي الأوغندي المعروف باسم قوات الدفاع الشعبية الأوغندية (UPDF) صداما داميا مع تنظيم جيش الرب المسلح.
وقد مر الصراع بين الطرفين بمحطات كان من أبرزها:
1986
1987
اختيار المؤسسة أليس أوما لاكوينا المنفى في كينيا وتولي ابن أخيها جوزيف جوني رئاسة جيش الرب. وقد توفيت أليس بكينيا يوم 18 يناير/ كانون الثاني 2007.
1988
مواجهات دامية بين قوات الدفاع الشعبية الأوغندية ومسلحي جيش الرب والتي استمرت 18 عاما.
1991
انشقاق القيادي الجنوبي السوداني ريك مشار (نائب رئيس حكومة جنوب السودان حاليا) عن حركة الجيش الشعبي لتحرير السودان وتأسيسه حركة استقلال جنوب السودان (SSIM) وتحالفه مع قوات دفاع الاستوائية السودانية ومع جيش الرب في ولاية شرق الاستوائية بالسودان (ويوجد بهذه الولاية الكثير من أبناء مجموعة أشولي العرقية مما يعني ترابطا عرقيا بينهم وبين جيش الرب).
1993 إلى 1994
تمركز جيش الرب في جنوب السودان.
1994
تقارب بين حكومة الخرطوم وجيش الرب، وقد هاجم جيش الرب مرارا مقاتلي الجيش الشعبي لتحرير السودان المناهض للخرطوم وبجانبه في تلك الهجومات مسلحو استقلال جنوب السودان (SSIM) بقيادة ريك مشار.
1995
إنشاء جيش الرب قواعد لمقاتليه على الحدود السودانية الأوغندية.
1999
توقيع السودان وأوغندا على اتفاقية نيروبي برعاية مركز كارتر الأميركي والتي تنص على عدم دعم أي طرف للطرف الآخر المتمرد.
2002
توقيع الخرطوم وكمبالا على اتفاقية ثانية تخول قوات الدفاع الشعبية الأوغندية (UPDF) ملاحقة ومهاجمة قوات جيش الرب داخل الأراضي السودانية، وأطلق على عملية الملاحقة هذه عملية القبضة الحديدة.
2005
الثالث من مايو/ أيار 2006
بداية مفاوضات الحل السلمي للأزمة الأوغندية بمبادرة من حليف تنظيم جيش الرب التاريخي ريك مشار بالقرب من الحدود الكونغولية وبرعاية منظمة باكس كريستي (Pax Christi) الهولندية.
يوليو/ تموز 2006
محادثات سلام مع الحكومة الأوغندية وجيش الرب في مدينة جوبا بجنوب السودان بوساطة من ريك مشار.
26 أغسطس/ آب 2006
يناير/ كانون الثاني 2007
14 أبريل /نيسان 2007
التوقيع على ملحق إضافي لاتفاقية وقف الأعمال العدوانية يسمح لأفراد جيش الرب عبور نهر النيل للتجمع في نابانغا بغرب الاستوائية في ستة أسابيع من توقيع الملحق.
26 أبريل /نيسان 2007
استئناف محادثات السلام بين الطرفين تمخضت عن توقيع اتفاقية بشأن الحلول الشاملة وقد وقعها إلى جانب الطرفين الأوغنديين ممثلون عن حكومات تنزانيا وجنوب أفريقيا وكينيا وموزمبيق.