باقان أموم هو أحد الشخصيات البارزة في الحركة الشعبية لتحرير السودان، لم يمنعه عدم انتمائه لقبيلة الدينكا وكونه من الشلك (من أكبر قبائل الجنوب وتأتي بعد الدينكا والنوير) أن يتصدر الواجهة أحيانا ممثلا لجون قرنق في عدد من المناسبات والتظاهرات.

أموم هو كذلك الأمين العام للتجمع الوطني الديمقراطي كما أنه ممثل الحركة الشعبية لتحرير السودان في هذه الهيئة.

والتجمع المذكور هو في الأصل تكتل لقوى المعارضة السودانية الجنوبية منها والشمالية، وقد عقد مؤتمره التأسيسي بمدينة أسمرا عاصمة إريتريا من 15 الى 23 يونيو/ حزيران 1995. وضم الحزب الاتحادي الديمقراطي، وحزب الأمة، والحركة الشعبية/والجيش الشعبي لتحرير السودان، وتجمع الأحزاب الأفريقية السودانية، والحزب الشيوعي السوداني، والنقابات، ومؤتمر البجة، وقوات التحالف السودانية، وشخصيات مستقلة. وقد انتخب محمد عثمان الميرغني رئيسا له وباقان أموم أمينا عاما.

ظهر اسم باقان أموم بقوة اثناء مفاوضات الحركة الشعبية مع حزب المؤتمر الشعبي بجنيف عندما التقى الترابي وقرنق في فبراير/ شباط 2001. وقد وقعا الطرفان في ذلك التاريخ مع عرف بمذكرة التفاهم التي حملت توقيع باقان أموم وياسر عرمام عن الحركة الشعبية وعمر إبراهيم الترابي والمحبوب عبد السلام المحبوب عن المؤتمر الوطني الشعبي.

كثر الحديث عن باقان أموم منذ أن بدأت حكومة الخرطوم اتصالاتها مع الحركة الشعبية بتأطير من الإيغاد وإشراف من المبعوث الأميركي دون دانفورث بوصفه رئيس وفد الحركة الشعبية التفاوضي. وما إن أزفت ساعة التقارب وتوقيع الاتفاق المتوقع نهاية شهر ديسمبر/ كانون الأول 2003 حتى حل أموم مع وفد من 12 شخصا بالخرطوم تأكيدا على التقارب بين طرفين فرقت بينهما 20 حرب أهلية طويلة.