في أبريل/ نيسان 1989 أعدت برعاية الصادق المهدي رئيس الوزراء آنذاك كل أحزاب السودان –باستثناء الجبهة القومية الإسلامية– وكل نقاباته وممثلي قواته المسلحة اتفاقا عرف باتفاق القصر، وأهم مقوماته:

• نبذ الحرب وحل المشكل السوداني سلميا.
• التأكيد على كل الاتفاقات السابقة مع الحركة الشعبية: كوكادام ومبادرة السلام.
• توفير الجو المناسب لتنفيذ الاتفاق بإلغاء القوانين التي أصدرها نميري والمنسوبة للإسلام مع إجراءات أخرى.
• قيام المؤتمر الدستوري داخل السودان بمشاركة الحركة الشعبية فيه وفي الحكومة التي سترعاه.