في 11 مارس/ آذار 1965 وعقب بدء المحادثات بين الشمال والجنوب انعقد مؤتمر المائدة المستديرة في جوبا بهدف مناقشة العلاقات الدستورية بين الطرفين، واختلف الجنوبيون داخل المؤتمر وانقسموا إلى ثلاثة أقسام، قسم مطالب بالوحدة وآخر بالانفصال وثالث طالب بالحكم الذاتي في إطار سودان موحد فدرالي، وكلف المؤتمر لجنة ببحث المستقبل السياسي للسودان، ولكن حكومة سر الختم الخليفة استقالت قبل أن ترفع اللجنة توصياتها.