الرئاسة الفدرالية
تنص المادة 13 من الدستور الاتحادي على أن منصبي الرئيس ونائبيه دوريان بين الجزر الثلاث (القمر الكبرى وأنجوان وموهلي) ولمدة أربع سنوات.
وتبين المادة الأولى من القانون التنظيمي المتعلق بطريقة انتخاب رئيس الدولة الصادر في الرابع من يونيو/حزيران 2005 أن أول الولاية الرئاسية الأولى تجري في جزيرة القمر الكبرى وبعدها جزيرة أنجوان ثم جزيرة موهلي.
إذ يقوم مواطنو الجزيرة التي جاء عليها الدور باقتراع عام في شوط انتخابي مباشر أول وتكون النتيجة اختيار الثلاثة الأوائل الذين تقدموا على سواهم. ويعرض الثلاثة في شوط ثان على انتخاب عام يشمل جميع مواطني القمر.
ويقتصر الشوط الأول من انتخاب الرئيس الاتحادي على أبناء الجزيرة التي هو منها، والثاني عام على أبناء الجزر الثلاث.
رئاسة للجزر
ويحدد الدستور الاتحادي تداول السلطة على الرئاسة الاتحادية، أما الدستور المحلي فيحدد حيثيات السلطة التنفيذية في كل جزيرة على حدة وبشكل مستقل عن الجهاز التنفيذي الفدرالي:
-
تنص المادة 20 من دستور جزيرة القمر الكبرى على أن رئيس الجزيرة ينتخب بالأغلبية المطلقة في اقتراع مباشر لمدة خمس سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة. ويشترط أن يكون مولودا في جزيرة القمر الكبرى وبالغا 35 عاما.
-
وتنص المادة 16 من دستور أنجوان على أن رئيس أنجوان ينتخب بالأغلبية المطلقة في اقتراع مباشر لمدة خمس سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة. ويشترط أن يكون مولودا في أنجوان وقد بلغ عمره 38 عاما ويلزمه الحصول على توقيع أربعين منتخبا من منتخبي أنجوان (المادة 18).
-
وتنص المادة 14 من دستور موهلي على أن رئيسها ينتخب بالأغلبية المطلقة في اقتراع مباشر لمدة خمس سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة. ويشترط أن يكون مولودا في جزيرة موهلي وقد بلغ عمره 40 عاما.
الانتخابات
-
على المستوى الجزيري
عرفت الجزر الثلاث إعادة انتخاب رؤسائها للمرة الثانية في يونيو/حزيران 2007، حيث لم يفز رئيس جزيرة القمر عبد الباقي سوله في الشوط الأول، وكان ترشح إلى جانب 18 مرشحا من أبناء الجزيرة. وقد تقدم للشوط الثاني رئيس حزب "رجا" سعيد العريفو ووزير الخارجية السابق عبد الوهاب محمد. وقد فاز عبد الوهاب في الشوط الثاني.
وفي جزيرة أنجوان فاز العقيد محمد بكر في الشوط الأول في رئاسيات يونيو/حزيران 2007، وقد اعتبرت المحكمة الدستورية فوز الرئيس بكر غير دستوري. فدبت أزمة أنجوان حينئذ. وقد عين الرئيس الاتحادي عبد الله أحمد سامبي رئيسا انتقاليا لأنجوان كامبي حمادي. فتصاعدت الأزمة الأنجوانية واستمرت تسعة أشهر حيث لم تحل إلا بعد تدخل قوات الاتحاد الأفريقي في مارس/ آذار 2008 لوضع حد لتمرد العقيد بكر.
وفي جزيرة موهلي فاز في الشوط الأول رجل الأعمال محمد علي سعيد، وجاء بعده الرئيس المنتهية ولايته محمد سعيد فاضل. وفاز الأول في الشوط الثاني.
البرلمان
ينص دستور ديسمبر/كانون الأول 2001 الاتحادي على انتخاب برلمان اتحادي يسمى جمعية الاتحاد المكونة من 33 عضوا، وهي مسؤولة عن تشريع القوانين وتحديد الميزانية، وقوانينها تنسحب على الدولة كلها.
وتجدد مقاعد جمعية الاتحاد كل أربع سنوات، فينتخب 15 من بينهم بواقع خمسة عن كل جزيرة، بينما ينتخب الـ18 الباقون في اقتراع عام يشمل جميع سكان الجزر الثلاث.
وليس في الدستور الاتحادي ما ينص على إمكانية حل جمعية الاتحاد ولا فيه ما يمنحها حجب الثقة عن الحكومة، بينما تنص دساتير الجزر المحلية على أن للبرلمانات المحلية إمكانية حجب الثقة عن الحكومة المحلية.
تداخل السلطات
تتشكل السلطة التنفيذية القمرية من:
من المعوقات الأساسية التي تطبع علاقات السلطات القمرية مسألة تداخل الصلاحيات بين الرئيس الاتحادي ورؤساء الجزر.
فالدستور ينص على أن صلاحيات الرئيس الاتحادي تتناول خمس مسائل هي الدين والعُملة والجنسية والعلاقات الخارجية والدفاع، وأن الصلاحيات المشتركة يبت فيها قانون تنظيمي. وقد برزت إلى السطح العديد من الخلافات بين الرئيس السابق غزالي عثماني ورؤساء الجزر الثلاث السابقين (رئيس جزيرة القمر الكبرى عبد الباقي سوله ورئيس موهلي محمد فاضل ورئيس أنجوان محمد بكر).
ومن مواضيع صراع الصلاحيات بين الرئيس الاتحادي ورؤساء الجزر مطالبة الأخيرين بأن يكون لكل جزيرة جيش مسلح، لكن الرئيس محمد سامبي قال بأن يكون سلاح جيوش الجزر مقتصرا على ما يسمح بالحفاظ على الأمن فقط.
وظلت تلك الخلافات تتجدد في عهد الرئيس الاتحادي الحالي أحمد عبد الله محمد سامبي ومن أبرزها خلافه مع الرئيس الأنجواني بكر الذي أدى إلى الإطاحة بهذا الأخير في مارس/ آذار 2008.