مثل مراسل الجزيرة في الخرطوم إسلام صالح أمام نيابة الجرائم الموجهة ضد الدولة، حيث جرى التحقيق معه بشأن ما اتهمته به سلطة الجمارك السودانية من اعتراض موظفيها ومنعهم من أداء واجبهم أثناء تفتيشهم مكتب الجزيرة في الخرطوم.
ولكن السلطات اعترفت بأن الرسوم الجمركية لأجهزة مكتب الجزيرة كانت مدفوعة بالكامل حسب المستندات, بعد أن كانت قد اتهمت إسلام صالح بالتهرب من تسديدها. ولم يتناول التحقيق حتى الآن التهم المتعلقة بالإساءة إلى سمعة الدولة وترويج أخبار كاذبة.
وكانت قوة من الأمن والشرطة دهمت مكتب الجزيرة منذ حوالي عشرة أيام في العاصمة السودانية واستولت على ثلاث كاميرات وعلى جهاز البث الحي. وأفرجت أجهزة الأمن عن مراسل الجزيرة بالضمان الشخصي بعد اعتقاله لمدة أسبوع.
وتلقى مكتب الجزيرة في الخرطوم تهديدات عدة في الفترة الأخيرة من أجهزة الأمن السودانية، نظرا لما قيل عن عدم رضا بعض الأطراف السياسية عن تغطية الجزيرة لأحداث السودان.