تحافظ المنظمة على تعاون وثيق مع كثير من المنظمات الدولية عبر اتفاقات أو مذكرات تعاون وتفاهم، وهي:
1- منظمة الصليب الأحمر الدولي.

2- برنامج الأمم المتحدة للتجارة والتنمية.

3- برنامج الأمم المتحدة للتنمية.

4- برنامج الأمم المتحدة للبيئة.

5- منظمة الأمم المتحدة للتربية والعلوم والثقافة.

6- منظمة الأغذية والزراعة.

7- صندوق الأمم المتحدة لدعم السكان.

8- المفوضية العليا لشؤون اللاجئين.

9- صندوق الأمم المتحدة لرعاية الطفولة.

10- منظمة الأمم المتحدة للتنمية الصناعية.

11- الصندوق الدولي للتنمية الزراعية.

12- منظمة الصحة العالمية.

13- المنظمة العالمية للملكية الفكرية.

المنظمات التالية لها صفة المراقب مع منظمة المؤتمر الإسلامي
1- منظمة الأمم المتحدة.

2- حركة عدم الانحياز.

3- منظمة الوحدة الإفريقية.

4- جامعة الدول العربية.

5- منظمة التعاون الاقتصادي.