في ما يلي أهم الأحداث في جزيرة أنجوان التي أعلنت انفصالها عام 1997 قبل أن تعود إلى اتحاد جزر القمر عام 2001.

- 3 أغسطس/آب: إعلان استقلال أنجوان من جانب واحد والانفصاليون ينتخبون عبد الله إبراهيم رئيسا لـ"دولة أنجوان".
- 11 أغسطس/آب: إعلان الانفصاليين في موهيلي استقلال جزيرتهم التي انضمت إلى الحكومة المركزية عام 1998.
- 3 سبتمبر/أيلول: الجيش الفدرالي يقوم بعملية إنزال في أنجوان لإعادة الأمن فيها, لكن عملية التدخل فشلت، وأسر نحو ستين جنديا من الجيش القمري الذي خسر أيضا قسما كبيرا من أسلحته.

 

1998

- 25 فبراير/شباط: الأنجوانيون يقرون دستورا انفصاليا يعلن استقلال الجزيرة ويقرون مؤسسات جديدة.
- 5 ديسمبر/كانون الأول: أعمال عنف بين انفصاليين متنافسين في أنجوان، حيث تحول التوتر إلى حرب أهلية مصغرة أسفرت عن سقوط عشرات القتلى والجرحى.

1999

- 26 أبريل/نيسان: مظاهرات تخللتها أعمال عنف ضد المجموعة الأنجوانية في جزيرة القمر الكبرى.

- 30 أبريل/نيسان: الجيش بقيادة رئيس هيئة الأركان غزالي عثمان يتسلم السلطة في جزر القمر.

 

- 28 أغسطس/آب: اضطرابات في موتسامودو عاصمة أنجوان بين أنصار رئيس السلطة الانفصالية ومعارضيها.

 

2001

- 17 فبراير/شباط: الجزر الثلاث -القمر الكبرى وأنجوان وموهيلي- توقعان مع المعارضة اتفاقا بهدف وضع حد للأزمة.

- 9 أغسطس/آب: انقلاب عسكري في أنجوان وإنشاء "مجلس رئاسي" مؤلف من ثلاثة ضباط بينهم قائد الدرك محمد بكر.

- 25 سبتمبر/أيلول: بكر يعلن نفسه "رئيسا للسلطة" في أنجوان بعد محاولة انقلاب لقسم من الفريق العسكري الذي كان يشاركه الحكم.

- 23 ديسمبر/كانون الأول: القمريون يقرون في استفتاء دستورا ينص على قيام اتحاد جزر القمر، ويمنح كلا من الجزر حكما ذاتيا واسعا. كما ينص على تنظيم سلسلة من العمليات الانتخابية.

 

2002

- 31 مارس/آذار: انتخاب بكر رئيسا لأنجوان.

- 14 أبريل/نيسان: انتخاب غزالي عثمان رئيسا لاتحاد جزر القمر.

 

- مارس/آذار: انتخابات تشريعية تغطي أغلبية كبيرة لممثلي الجزر التي تتمتع بحكم ذاتي في المجالس النيابية الثلاثة وفي المجلس النيابي الفدرالي.

 

2005

- 5 مارس/آذار: قانون جديد بشأن تقاسم الصلاحيات بين اتحاد جزر القمر والجزر الثلاث بعد ثلاث سنوات من النزاع.

 

2006
- 14 مايو/أيار: أحمد عبد الله سامبي يفوز في الانتخابات الرئاسية في اتحاد جزر القمر.

 

2007

- 2 مايو/أيار: مواجهات في موتسامودو بين الجيش ومسلحين مقربين من بكر.
- 5 يونيو/حزيران: إطلاق نار في مطار أنجوان قبل وصول طائرة الرئيس سامبي التي لم تستطع الهبوط.
- 10 يونيو/حزيران: انتخاب بكر رئيسا في أنجوان في اقتراع نظم على الرغم من رفض الدولة الفدرالية وإدانة الاتحاد الأفريقي.

 

2008

- 31 يناير/كانون الثاني: سامبي يعلن نيته التدخل العسكري "لإعادة وحدة  الدولة" الفدرالية.
- 19 فبراير/شباط: الاتحاد الأفريقي يقرر تقديم دعم عسكري ولوجستي لحكومة اتحاد جزر القمر التي تسعى لتحضير عملية مسلحة في أنجوان.
- 21 فبراير/شباط: باريس تؤكد استعدادها لنقل جنود الاتحاد الأفريقي.
- 20 مارس/آذار: وصول طلائع القوة الأفريقية إلى جزيرة موهيلي.